「臺北市12區健康服務中心」於94年1月1日起由『臺北市12區衛生所』轉型提供服務，明確地負起社區民眾健康促進與健康維護之責，同時整合社區內與健康有關的各機構，共同建構『優質的預防保健社區網絡』，成為社區民眾健康的管理者。

臺北市政府衛生局為確保臺北市12區健康服務中心，精確執行各項公共衛生政策，杜絕流弊並提升施政績效，故依據「臺北市政府稽查所屬各機關實施內部控制成效作業原則」，針對經辦業務之作業流程，成立專案小組，每年檢查內部控制制度的有效性，並作成書面紀錄建檔備查，查核重點包含臺北市12區健康服務中心重要業務事項及審視各項作業流程控制重點是否完整周延。

為了提供民眾更優質的健康服務，衛生局透過業務總體檢、外部專家評核機制、內部控制程序、標業作業流程及考評機制等策略，並導入現代企業的「策略地圖」及「平衡計分卡」制度，提出衛生局的願景與使命，透過關鍵績效指標（KPI）來檢視臺北市12區健康服務中心公共衛生服務達成度，希以「促進市民健康」為使命，秉持「正直誠信、開放共享、創新卓越、謙卑關懷、團隊當責、團隊合作」的核心價值，透過六大策略主題來完成衛生局施政願景，並聚焦臺北市政府使命「為市民服務、替城市創新」，成為宜居永續城市！